Программно-аппаратное обеспечение «Рутокен ЭЦП Flash» (Rutoken) представляет собой идентификатор с flash-памятью. «Рутокен ЭЦП Flash» (Rutoken) объединяет в своем корпусе USB-токен «Рутокен ЭЦП» (Rutoken) и flash-диск емкостью 4 Гб (модели емкостью до 16 Гб доступны под заказ). Габариты «Рутокен ЭЦП Flash» (Rutoken) не отличаются от размера классической модели «Рутокен ЭЦП» (Rutoken).
Благодаря «Рутокен ЭЦП Flash» (Rutoken) организации могут обеспечивать не только безопасное хранение паролей, цифровых сертификатов, электронных цифровых подписей и ключей шифрования, но и использовать flash-память для дистрибутивов программного обеспечения, важных данных, автоматического запуска приложений при подключении, загрузки «чистой» операционной системы (ОС Microsoft Windows, Linux) и т. д.